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Objectifs de la semaine 1
- Utiliser les ordinateurs portables pour lire et comprendre l’information de base sur l’expression de protéines contenant des acides aminés non canoniques (ncAA).
- Obtenir de l’information sur les gènes et les sites d’incorporation des ncAA disponibles au cours de ce semestre, et en discuter avec les autres étudiants.
- Déterminer la séquence d’acides aminés des protéines et les sites d’incorporation des ncAA.
- Créer un compte pour utiliser et installer la version éducative gratuite de PyMOL sur http://pymol.org/edu/
- Télécharger la structure cristalline des protéines dans la banque de données sur les protéines en ligne (PDB).
- Charger et étudier la structure de la protéine dans PyMOL (pour démarrer, consulter http://www.pymolwiki.org/index.php/Practical_Pymol_for_Beginners ainsi que le didacticiel PyMOL publié dans Canvas).
- Déterminer quels emplacements et quels ncAA seront incorporés/étudiés sur la base des recherches documentaires et de l’image dans PyMOL. Repérer les sites qui ont déjà été mutés. Finaliser la sélection de la protéine à l’étude ce semestre et commencer à élaborer des hypothèses pour les projets à long terme.
- Installer le matériel sur la paillasse du groupe, étalonner et stériliser les pipettes.
- Obtenir des directives sur l’expression des protéines à partir des cellules contenant des plasmides.
- Veiller à ce que les solutions des composants du milieu et l’équipement stérile nécessaires soient préparés et disponibles pour les expressions au cours de la semaine 2 (protéine de type sauvage) et de la semaine 3 (ensemble de protéines de type sauvage et de protéines mutantes ncAA).
